Após
a passagem por Coimbra de D. João III em 1527, a reforma
do Mosteiro de Santa Cruz e a instalação da
Universidade vão alterar profundamente a cidade.
Para Santa Cruz foi nomeado reformador Frei Brás de
Braga que partira em 1517 para estudar em Paris tendo regressado
em 1525 a Portugal para ocupar o cargo de Prior do Mosteiro
da Serra de Sintra. Entre outras, a missão de Frei
Brás passava pela reestruturação das
dependências conventuais modernizando e construindo
edifícios.
Extinto o pequeno convento de S. João das Donas, restaurada
a Igreja de Santa Cruz à dignidade do panteão
dos primeiros monarcas, seria de toda a conveniência
reservar esta para o uso quotidiano e exclusivo dos frades
crúzios. Para que tal sucedesse era necessário
construir de raiz uma igreja paroquial que servisse a freguesia
de S. João da Cruz. Foi então que Frei Brás
de Braga a mandou erguer em cerca de 1530.
